Organisasi PKMI terdiri dari Pengurus Pusat yang berkedudukan di Jakarta dan Pengurus Cabang yang berkedudukan di Ibu Kota Provinsi. Pada era Orde Baru PKMI mempunyai cabang di seluruh Provinsi di Indonsia (27 provinsi) dan aktif bersama-sama dengan Pemerintah. BKKBN dan Depkes membantu masyarakat yang membutuhkan pelayanan kontap.  Dengan beralihnya era orde baru ke era reformasi dimana program Keluarga Berencana tidak menjadi primadona lagi dan juga bantuan pendanaan dari luar negeri (IP AVSC, USAID, AIDAB, Patfinder Fun, dll) untuk program kontap khususnya PKMI berkurang bahkan terhenti sama sekali sejak tahun 1999, maka kegiatan PKMI baik di tingkat pusat maupun cabang berkurang bahkan di beberapa provinsi terhenti sama sekali.

   Pada tahun 2021 ini, PKMI masih memiliki kepengurusan PKMI Cabang yang masih aktif menjalankan program kontap di Sumatera Utara, Sumatera Barat, Kepulauan Riau, Riau, Jambi, Bangka Belitung, Sumatera Selatan, Lampung, DKI Jakarta, Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, D.I. Yogyakarta, Jawa Timur, Bali, Nusa Tenggara Barat, Nusa Tenggara Timur, Kalimantan Barat, Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Kalimantan Timur, Sulawesi Utara , Sulawesi Tengah, Sulawesi Selatan, Sulawesi Tenggara, Gorontalo, Papua, Maluku

​

Struktur Organisasi PKMI:

 

• Badan Legislatif yang merupakan badan organisasi tertinggi, terdiri dari Kongres tingkat Nasional dan Rapat Anggota di tingkat Cabang.

 

• Badan Pengurus yang melaksanakan kegiatan PKMI sehari-hari, terdiri atas Pengurus Pusat di tingkat Nasional dan Pengurus Cabang di tingkat Cabang.

 

Dasar Hukum:

 

Dasar hukum pelaksanaan kegiatan-kegiatan PKMI adalah :

 

• Instruksi Menkes R.I./Kepala BKKBN No.:316/Men.Kes/Ins./VIII/1980, 11 Agustus 1980

• Surat Edaran menkes R.I. No.: 185/Menkes/E/III/1991, 23 Maret 1991

• KEPMENKES RI. No. 08/Menkes/SK/I.2000, 5 Januari 2000

• Pedoman Pelaksanaan Kepmenkes RI (ttd Dirjen Yanmedik Depkes RI, Juni 2000)

• Kebijakan dan strategi nasional pelayanan kontap di Indonesia (BKKBN, Depkes 2002)